Гнёзда строят из сучьев, водорослей и различного сора. В мае приступают к размножению и насиживают кладку в течение месяца. Величина кладки 2 – 3 яйца. Насиживают обе птицы гнездовой пары. Птенцы вылупляются голыми, пуховой покров появляется в возрасте двух недель, а в гнезде они находятся около 60 дней.

Массовые миграции на зимовку происходят в августе – сентябре. Основные места зимовки – прибрежные районы Западного Мурмана и Северной Норвегии.

Хохлатый баклан вынужден просушивать перья. Как и у большого баклана, у хохлатого оперение в воде намокает, так как у птиц отсутствует копчиковая железа и жировой секрет для смазки оперения. Птицы вынуждены выходить на берег для просушки пера.

Популяция хохлатого бакланы может сократиться из-за внешнего беспокойства. Избегая присутствия человека, хохлатые бакланы часто бросают удобные и хорошо обеспеченные кормом гнездовые территории и уходят в более спокойные места. Однако заселение менее пригодных территорий сказывается на успешности размножения и выживаемости птенцов.

Продолжительность жизни хохлатого баклана составляет около 18 лет.